Peneliti Cemaskan Varian Omicron COVID-19 yang Sangat Bermutasi

Majalah Farmasetika – Para peneliti di Afrika Selatan berlomba melacak munculnya varian baru virus corona SARS-CoV-2 yang menyebabkan COVID-19. Varian ini menyimpan sejumlah besar mutasi yang ditemukan pada varian lain, termasuk Delta, dan tampaknya menyebar dengan cepat ke seluruh Afrika Selatan.

Prioritas utama adalah mengikuti varian lebih dekat saat menyebar: pertama kali diidentifikasi di Botswana awal bulan ini dan sejak itu muncul pada seorang pelancong yang tiba di Hong Kong dari Afrika Selatan. Para ilmuwan juga mencoba memahami sifat-sifat varian, seperti apakah ia dapat menghindari respons imun yang dipicu oleh vaksin dan apakah itu menyebabkan penyakit yang lebih atau kurang parah daripada varian lainnya.

“Kami terbang dengan kecepatan melengkung,” kata Penny Moore, ahli virus di Universitas Witwatersrand di Johannesburg, Afrika Selatan, yang labnya mengukur potensi varian untuk menghindari kekebalan dari vaksin dan infeksi sebelumnya. Ada laporan anekdot tentang infeksi ulang dan kasus pada individu yang divaksinasi, tetapi “pada tahap ini terlalu dini untuk mengatakan apa pun”, tambah Moore.

“Ada banyak hal yang tidak kami pahami tentang varian ini,” Richard Lessells, seorang dokter penyakit menular di Universitas KwaZulu-Natal di Durban, Afrika Selatan, mengatakan pada konferensi pers yang diselenggarakan oleh departemen kesehatan Afrika Selatan pada 25 November.

“Profil mutasi membuat kami khawatir, tetapi sekarang kami perlu melakukan pekerjaan untuk memahami pentingnya varian ini dan apa artinya bagi respons terhadap pandemi.” lanjutnya.

Pada tanggal 26 November, Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) menetapkan strain, yang dikenal sebagai B.1.1.529, sebagai varian yang mengkhawatirkan dan menamakannya Omicron, atas saran para ilmuwan yang merupakan bagian dari Kelompok Penasihat Teknis WHO untuk SARS- Evolusi Virus CoV-2. Omicron bergabung dengan Delta, Alpha, Beta, dan Gamma dalam daftar varian yang menjadi perhatian WHO saat ini.

Para peneliti juga ingin mengukur potensi varian untuk menyebar secara global – mungkin memicu gelombang infeksi baru atau memperburuk peningkatan berkelanjutan yang didorong oleh Delta.

Perubahan pada spike

Para peneliti melihat B.1.1.529 dalam data sekuensing genom dari Botswana. Varian ini menonjol karena mengandung lebih dari 30 perubahan pada protein lonjakan – protein SARS-CoV-2 yang mengenali sel inang dan merupakan target utama respons imun tubuh. Banyak perubahan telah ditemukan dalam varian seperti Delta dan Alpha, dan terkait dengan peningkatan infektivitas dan kemampuan untuk menghindari antibodi penghambat infeksi.

Peningkatan tajam yang nyata dalam kasus varian di provinsi Gauteng Afrika Selatan – rumah bagi Johannesburg – juga memicu lonceng alarm. Kasus meningkat pesat di provinsi tersebut pada bulan November, terutama di sekolah dan di kalangan anak muda, menurut Lessells. Pengurutan genom dan analisis genetik lainnya dari tim yang dipimpin oleh Tulio de Oliveira, seorang ahli bioinformatika di Universitas KwaZulu-Natal, menemukan bahwa varian B.1.1.529 bertanggung jawab atas semua 77 sampel virus yang mereka analisis dari Gauteng, dikumpulkan antara 12 dan 20 Nopember. Analisis ratusan sampel lagi sedang dikerjakan.

Varian ini memiliki mutasi lonjakan yang memungkinkannya dideteksi dengan tes genotipe yang memberikan hasil jauh lebih cepat daripada pengurutan genom, kata Lessells. Bukti awal dari tes ini menunjukkan bahwa B.1.1.529 telah menyebar jauh lebih jauh dari Gauteng.

“Kami khawatir varian ini mungkin sudah beredar cukup luas di dalam negeri,” kata Lessells.

Efektivitas vaksin

Untuk memahami ancaman yang ditimbulkan B.1.1.529, para peneliti akan melacak dengan cermat penyebarannya di Afrika Selatan dan sekitarnya. Para peneliti di Afrika Selatan mengerahkan upaya untuk mempelajari varian Beta dengan cepat, yang diidentifikasi di sana pada akhir 2020, dan upaya serupa mulai mempelajari B.1.1.529.

Tim Moore — yang menyediakan beberapa data pertama tentang kemampuan Beta untuk menghindari kekebalan — telah mulai mengerjakan B.1.1.529. Mereka berencana untuk menguji kemampuan virus untuk menghindari antibodi pemblokiran infeksi, serta respons imun lainnya. Varian ini menyimpan sejumlah besar mutasi di daerah protein lonjakan yang dikenali antibodi, yang berpotensi meredam potensinya.

“Banyak mutasi yang kami tahu bermasalah, tetapi lebih banyak lagi yang sepertinya berkontribusi pada penghindaran lebih lanjut,” kata Moore.

Bahkan ada petunjuk dari pemodelan komputer bahwa B.1.1.529 dapat menghindari kekebalan yang diberikan oleh komponen lain dari sistem kekebalan yang disebut sel T, kata Moore. Timnya berharap mendapatkan hasil pertama dalam dua minggu.

“Pertanyaan yang membara adalah ‘apakah itu mengurangi efektivitas vaksin, karena memiliki begitu banyak perubahan?’,” kata Aris Katzourakis, yang mempelajari evolusi virus di Universitas Oxford, Inggris.

Moore mengatakan infeksi terobosan telah dilaporkan di Afrika Selatan di antara orang-orang yang telah menerima salah satu dari tiga jenis vaksin yang digunakan di sana, dari Johnson & Johnson, Pfizer–BioNTech dan Oxford–AstraZeneca. Dua pelancong yang dikarantina di Hong Kong yang telah dites positif untuk varian tersebut divaksinasi dengan tusukan Pfizer, menurut laporan berita. Satu orang telah melakukan perjalanan dari Afrika Selatan; yang lainnya terinfeksi selama karantina hotel.

Para peneliti di Afrika Selatan juga akan mempelajari apakah B.1.1.529 menyebabkan penyakit yang lebih parah atau lebih ringan daripada yang dihasilkan oleh varian lain, kata Lessells. “Pertanyaan yang sangat penting adalah seputar keparahan penyakit.”

Sejauh ini, ancaman B.1.1.529 di luar Afrika Selatan masih jauh dari jelas, kata para peneliti. Juga tidak jelas apakah varian ini lebih menular daripada Delta, kata Moore, karena saat ini jumlah kasus COVID-19 di Afrika Selatan rendah. “Kami dalam jeda,” katanya.

Katzourakis mengatakan bahwa negara-negara di mana Delta sangat lazim ditemukan harus memperhatikan tanda-tanda B.1.1.529.

“Kita perlu melihat apa yang dilakukan virus ini dalam hal keberhasilan kompetitif dan apakah prevalensinya akan meningkat.” lanjutnya.

Sumber

Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert https://www.nature.com/articles/d41586-021-03552-w