Info Farmasi Terkini Berbasis Ilmiah dan Praktis Majalah Farmasi Online Pertama di Indonesia
Artikel Terkait
Majalah Farmasetika – Pada awal Januari 2020, urutan genom pertama Sars-CoV-2 – virus yang menyebabkan COVID-19 – dirilis dengan nama “Wuhan-1”. Rangkaian 30.000 huruf ini (A, T, C, dan G dari kode genetik) menandai hari pertama perlombaan untuk memahami genetika virus corona yang baru ditemukan ini.
Sekarang, 100.000 sampel genom virus corona yang diambil dari pasien COVID-19 di lebih dari 100 negara telah bergabung dengan Wuhan-1. Ahli genetika di seluruh dunia sedang menggali data untuk mendapatkan jawaban. Dari mana Sars-CoV-2 berasal? Kapan mulai menginfeksi manusia? Bagaimana virus bermutasi – dan apakah itu penting? Genomik Sars-CoV-2, seperti virus itu sendiri, menjadi besar dan mendunia.
Istilah mutasi pada genetik virus
Istilah mutasi cenderung memunculkan citra virus baru yang berbahaya dengan peningkatan kemampuan yang menyebar ke seluruh planet. Dan sementara mutasi terus-menerus muncul dan terkadang menyapu – mutasi awal pada Sars-CoV-2 telah menyebar ke seluruh dunia karena virus menyebar hampir tanpa disadari – mutasi adalah bagian alami yang sempurna dari organisme apa pun, termasuk virus. Sebagian besar tidak berdampak pada kemampuan virus untuk menularkan atau menyebabkan penyakit.
Mutasi hanya berarti perbedaan; perubahan huruf dalam genom. Sementara populasi Sars-CoV-2 secara genetik pada dasarnya tidak berubah ketika melompat ke inang manusia pertama pada akhir 2019, lebih dari 13.000 perubahan ini sekarang ditemukan dalam 100.000 Sars-CoV-2 yang diurutkan hingga saat ini. Namun dua virus dari dua pasien mana pun di dunia ini rata-rata berbeda hanya dalam sepuluh huruf. Ini adalah sebagian kecil dari total 30.000 karakter dalam kode genetik virus dan berarti bahwa semua Sars-CoV-2 yang beredar dapat dianggap sebagai bagian dari satu garis keturunan klonal.
Mutasi terjadi secara perlahan
Butuh beberapa waktu bagi virus untuk memperoleh keragaman genetik yang substansial. Sars-CoV-2 bermutasi cukup lambat untuk virus, dengan garis keturunan apa pun yang memperoleh beberapa perubahan setiap bulan; dua hingga enam kali lipat lebih rendah dari jumlah mutasi yang didapat oleh virus influenza selama periode yang sama.
Namun, mutasi adalah landasan yang dapat digunakan oleh seleksi alam. Umumnya mutasi akan membuat virus tidak berfungsi atau tidak memiliki efek apa pun. Namun potensi mutasi untuk mempengaruhi penularan Sars-CoV-2 di inang manusia barunya ada. Akibatnya, ada upaya intens untuk menentukan mutasi mana, jika ada, yang dapat diidentifikasi sejak genom Sars-CoV-2 pertama diurutkan di Wuhan yang dapat mengubah fungsi virus secara signifikan.
Mutasi yang terkenal dalam konteks ini adalah perubahan asam amino pada protein lonjakan Sars-CoV-2, protein yang memberikan ciri khas proyeksi mirip mahkota virus corona dan memungkinkannya menempel pada sel inang.
Mutasi Virus Corona D614G
Perubahan karakter tunggal dalam genom virus – diistilahkan D614G – telah terbukti meningkatkan infektivitas virus dalam sel yang tumbuh di laboratorium, meskipun tanpa dampak yang dapat diukur pada tingkat keparahan penyakit. Meskipun mutasi ini juga hampir secara sistematis ditemukan dengan tiga mutasi lainnya, dan keempatnya sekarang ditemukan pada sekitar 80% Sars-CoV-2 yang berurutan, menjadikannya kumpulan mutasi yang paling sering beredar.
Tantangan dengan D614G, seperti halnya mutasi lainnya, adalah menguraikan apakah frekuensinya meningkat karena kebetulan ada pada virus yang bertanggung jawab menyebarkan wabah awal yang berhasil, atau apakah mutasi tersebut benar-benar memberi keuntungan bagi pembawa mereka. Sementara pekerjaan genomik pada kumpulan data Inggris menunjukkan peran halus D614G dalam meningkatkan laju pertumbuhan garis keturunan yang membawanya, pekerjaan kami sendiri tidak dapat menemukan dampak yang terukur pada transmisi.
Mutasi terjadi secara alamiah dan tidak selamanya mengarah ke efek ganas virus
D614G bukan satu-satunya mutasi yang ditemukan pada frekuensi tinggi. Serangkaian tiga mutasi pada cangkang protein Sars-CoV-2 juga semakin banyak muncul dalam data sekuensing dan sekarang ditemukan pada sepertiga virus.
Perubahan tunggal pada posisi 57 dari protein Orf3a, wilayah imunogenik yang diketahui, terjadi dalam seperempat. Mutasi lain ada pada protein lonjakan sementara banyak mutasi lainnya tampaknya disebabkan oleh aktivitas respons kekebalan kita sendiri. Pada saat yang sama, masih belum ada konsensus bahwa ini, atau yang lainnya, secara signifikan mengubah penularan atau keganasan virus. Kebanyakan mutasi terbawa begitu saja karena Sars-CoV-2 terus berhasil menyebar.
Tetapi penggantian bukan satu-satunya pengeditan kecil yang dapat memengaruhi Sars-CoV-2. Penghapusan pada gen aksesori Sars-CoV-2 Orf7b / Orf8 telah terbukti mengurangi virulensi Sars-CoV-2, berpotensi menimbulkan infeksi yang lebih ringan pada pasien.
Penghapusan serupa mungkin berperilaku dengan cara yang sama di Sars-CoV-1, virus korona terkait yang bertanggung jawab atas wabah Sars pada 2002-04.
Kemajuan menuju Sars-CoV-2 yang tidak terlalu ganas akan menjadi kabar baik, meskipun penghapusan di Orf8 telah terjadi sejak hari-hari awal pandemi dan tampaknya tidak meningkat frekuensinya.
Meskipun perubahan adaptif mungkin belum terjadi, semua data yang tersedia pada tahap ini menunjukkan bahwa kita menghadapi virus yang sama sejak awal pandemi.
Chris Whitty, kepala petugas medis untuk Inggris, menyatakan bahwa benar untuk menuangkan air dingin pada gagasan bahwa virus telah bermutasi menjadi sesuatu yang lebih ringan daripada yang menyebabkan Inggris memberlakukan lockdown pada bulan Maret.
Kemungkinan penurunan keparahan gejala yang terlihat selama musim panas mungkin disebabkan oleh orang yang lebih muda terinfeksi, tindakan penahanan (seperti jarak sosial) dan pengobatan yang lebih baik daripada perubahan pada virus itu sendiri. Namun, meski Sars-CoV-2 belum berubah secara signifikan hingga saat ini, kami terus memperluas alat kami untuk melacak dan melacak evolusinya, siap untuk mengimbangi.
Sumber : Coronavirus mutations: what we’ve learned so far https://theconversation.com/coronavirus-mutations-what-weve-learned-so-far-145864
